Die gezahlte Kirchensteuer ist als Sonderausgabe abziehbar. Erstattungen von Kirchensteuer werden mit der gezahlten Kirchensteuer im Jahr der Erstattung verrechnet, mindern also die entsprechenden Sonderausgaben. Nun kann es Fälle geben, in denen der Erstattungsbetrag höher ist als die Zahlungen im betreffenden Jahr, zum Beispiel aufgrund eines Kirchenaustritts oder aufgrund von Feststellungen im Rahmen einer Betriebsprüfung (etwa durch die zeitliche Verschiebung von Betriebseinnahmen oder -ausgaben).
Früher wurde der Erstattungsüberhang mit der gezahlten Kirchensteuer des Jahres verrechnet, aus dem die Erstattung resultiert. Dazu wurde der Steuerbescheid dieses Jahres nach § 175 Abs. 1 Nr. 2 AO geändert. Seit 2012 wird der Erstattungsüberhang indes im selben Jahr dem Gesamtbetrag der Einkünfte hinzugerechnet (§ 10 Abs. 4b EStG).